Džon Džozef Lidon je rođen 31. januara (misli, ali nije siguran) 1956. godine u Londonu. Njegovi roditelji (Ajlin i Džon) bili su emigranti iz Irske i pored njega su imali još troje dece. Odrastao je u radničkom naselju Finsburi park u severnom Londonu i to je okolina koja ga je oblikovala. Najstariji od trojice braće, Džon je bio stidljivo i tiho dete koje je u sedmoj godini obolelo od meningitisa, zbog čega je pola godine proveo u komi nakon koje je doživeo amneziju. Meningitis mu je gotovo potpuno uništio memoriju, tako da je, uz veliku pomoć svoje majke, morao da uči sve iz početka. Uprkos ovome, morao je da raste brzo i nije bilo vremena za maženje. U školi je od lenjih učitelja dobio etiketu „glupan“, pa je ubrzo postao razočaran i otuđen, ali nikada usamljen. Shvatio je da ga bolna stidljivost neće nikuda odvesti, pa je pažljivo birao prijatelje. Dok je stigao do srednje škole, već je počeo da formira svoje jake ideje i stavove o životu i svojim školskim aktivnostima (nešto što nikako ne sme da se čini u katoličkoj školi). Iako je bio bistar i pažljiv đak, nije prošlo mnogo, a  zbog svojih „mišljenja“  uzet je „na zub škole“ i oko 15-te godine „zamoljen da ode“. Džon je zahtevao obrazovanje, ne samo spisak pravila. Znao je da buntovništvo nema svrhe samo po sebi i da je obrazovanje put za izlazak iz siromaštva, i to ne u finansijskom smislu, već kao način unapređivanja samog sebe. Do današnjeg dana on i dalje čvrsto veruje u „pravo“ obrazovanje. Zato je krenuo da traži svoje mesto pod suncem na nekom drugom mestu, što dalje od autoriteta i reda. Rastao je u hipi porodici, a naročit uticaj što se muzike tiče, na njega je ostavila majka koja je bila veliki fan Alisa Kupera. Nadimak Rotten (engl. - truo, pokvaren), dobio je zbog pokvarenih zuba i zadržao ga je kao svoje matično ime u muzici sve do kraja aktivnog učešća u Pistolsima. O svom odrastanju i životu Lidon je 1995. napisao autobiografiju pod nazivom "Rotten - No Irish, No Blacks, No Dogs"  (Zabranjeno za Irce, crnce i pse, LAGUNA, 2008, Beograd).